Vila po roce 1948
Rok 1948 s sebou přinesl řadu politických změn. Komunistický puč v Československu výrazně zasáhl do osudu vily, která se stala tzv. „činžovní vilou". Roku 1951 se František Müller při přikládání v kotelně vily otrávil kysličníkem uhelnatým. Jediná dcera Müllerových Eva odešla do emigrace. Ve vile zůstala osamělá majitelka. V roce 1955 se vila rozhodnutím Obvodního národního výboru v Praze 6 stala majetkem státu a do objektu byl dislokován depozitář užitého umění Národní galerie v Praze. V roce 1959 byly vila definitivně vyvlastněna. Paní Miladě Müllerové byl přidělen byt o dvou místnostech s koupelnou. Dámský budoár a knihovna ji sloužily jako byt, v ostatních prostorách vily byly kanceláře národního podniku Státní pedagogické nakladatelství. Milada Müllerova vynaložila nadlidské úsilí o záchranu vily. Požádala švýcarské architekty Franka Gloora, Rolfa Gutmanna a Felixe Schwarze o vypracování návrhu na zřízení centra Adolfa Loose v Müllerově vile.
Pro budoucí osud vily bylo štěstím, že sbírky Františka a Milady Müllerových zakoupila muzea a galerie. Stejně tomu bylo i při vyřizování pozůstalosti po Miladě Müllerové, která zemřela 8. záři 1968. O měsíc později, 15. října 1968, byla Müllerova vila prohlášena kulturní památkou České republiky.
Historickým zlomem, pokud jde o zachovaní této architektonické památky, bylo usnesení Zastupitelstva hlavního města Prahy ze dne 26. ledna 1995, kterým bylo schváleno odkoupení pěti osmin Müllerovy vily od paní Evy Maternové, dcery Milady a Františka Müllerových, do vlastnictví hlavního města Prahy, které pověřilo odbornou správou objektu Muzeum města Prahy. V roce 1998 byla zahájena obnova vily.